菅総理大臣は内閣記者会のインタビューで、日本学術会議の会員候補6人を任命しなかったことについて学問の自由の侵害でないと訴えました。
菅総理は「日本学術会議」には国の予算およそ10億円が毎年支出されていて会員は特別国家公務員であること、会員は後任を指名することも可能になっているなど制度について指摘した上で次のように述べました。
「学問の自由とは全く関係ないということです。総合的俯瞰的活動を確保する観点から、今回の任命について判断をした」（菅義偉首相）
任命見送りの理由についてこのように述べるとともに、6人の政治的な立ち位置と今回の任命見送りは関係がないと強調しました。
また「推薦された方々を任命する責任は総理大臣にあり前例を踏襲して良いか考えた」として自らの判断であることを明らかにしました。
（Ｎスタ2020年10月5日放送）
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